5月17日，联军高层召开军事会议，参谋长蒋百里主持会议，萧震雷作为总司令，孙文作为民党理事长，徐绍桢和黄兴作为中西两路大军的总指挥官和副总指挥官都有参加。除了各省都督之外，还有蔡国栋、张孝准、安徽都督柏文蔚也都有参加。
    会议刚开始，蒋百里作为北伐军参谋长就开始部署作战兵力，按照事先与萧震雷和蔡锷等人商量好的，蒋百里将参谋部的战略部署计划详细说了一遍，接着又道：“袁世凯在中线和西线的兵力不多，他的北洋军主力主要都在东线，湖北黎元洪在去年将全省军队八个师整编成了三个师，这三个师的兵力基本满员，武器也不差，张孝淮率华东第三军和湘军43师负责进攻黎元洪的鄂军，江防舰队将会配合你们进攻，对了，谭都督，你们湘军43师师长是谁？”
    谭延闿道：“是陈复初！”
    萧震雷问道：“陈复初是谁？何许人也？”
    在坐的黄兴连忙道：“陈复初我知道，此人原来是是湘军第四十九标标统，武昌起义之后率部赶来参加战斗，曾在我的指挥下坚守汉阳，与北洋军激战月余，挫败过北洋军，荣立战功，当时他亦身负重伤！”
    蔡锷也道：“我与他就旧，此人我熟悉，他治军严谨，不念私情，去年他的司令部移师沅陵。是时，鸦片烟毒已成沅陵一大公害，陈复初先行规劝，再行令禁止，并重惩开馆贩毒者。有一个叫王清源的人是陈复初姑表兄弟，因开馆贩毒被捉拿下狱，陈母及亲友为之求情，陈复初对亲友晓以大义，仍将王处决！”
    萧震雷闻言点头道：“好，此人要得，现如今很多地方军队长官都在从事鸦片生意，他不但不做，还下令禁止，可见并不是一个贪财之人，能在克强将军的指挥下与北洋军周旋月余，可见也不是一个贪生怕死的人，就是他了！”
    谭延闿见萧震雷夸赞他的手下将领，心中格外高兴，感觉倍有面子，笑道：“总司令如此抬举他，我先代他谢过，既然总司令看中他，那就由他率43师归在张将军麾下！”
    蒋百里又道：“好，中线战场就这么定了，那么西线战场由川军一个师、滇军一个师、粤军一个师组成，司令官由蔡松坡当任，诸位有没有意见？”
    孙文、黄兴等人都在，胡汉民就首先表态道：“松坡将军乃知兵之人，以都督身份指挥一路大军绰绰有余，足够服众，我同意，我们粤军将派出34师归于松坡将军麾下，师长由副都督许崇智当任！”
    四川副都督张培爵也不甘落后道：“蔡将军的军事才能我是佩服的，我们川军也同意由蔡将军当任西线战场指挥官，并派出两个师参加作战！”
    众人闻言一惊，两个师？不是说好了派一个师吗？张陪爵怎么改口成了两个师？萧震雷在众人的疑惑中问道：“张都督，你说派两个师？不知道是哪两个师？这两个师都由谁指挥？”
    张培爵道：“不错，来之前我已经与尹都督进行过电报联系，他所此次北伐关乎国运，既然要北伐就要彻底一点，我们川军就必须要出全力，我们将派出41师和42师参加，41师师长熊克武，想必在做不少人是认识他的，42师师长刘存厚，早年也是日本陆军士官学校毕业的，也是一个知兵之人！”
    众人闻言不由都点点头，不过萧震雷皱眉道：“熊克武并非军人出身吧？”
    在场众人听得一愣，但很快反应过来，知道萧震雷在怀疑熊克武的军事指挥才能，黄兴连忙道：“总司令，熊克武虽然不是正规军人出身，但他指挥和参加过多次起义，指挥经验是不缺的，再说有蔡松坡指挥，我想他应该可以胜任吧？”
    萧震雷摇头道：“我并非怀疑他的军事指挥才能，我和蔡国栋也并非是正规军军人出身，不一样指挥打仗？我是担心他能否坚决服从指挥，要知道我们这次是联合作战，最关键的在于指挥上能否统一，如果各行其是，不但不能增加战斗力，还会制约其他部队”。
    这个理由一说出来让黄兴等人有些难办，毕竟谁都知道如果是正规军出身的人，从当兵第一天开始就被灌输服从军令的思想，可如果没有受过军事教育，在服从军令这方面的意识肯定会薄弱一些。
    黄兴想了想咬牙道：“这个我可以担保，他是我们民党的人，我来跟他谈，如果在战时他不服从军令，蔡将军可以便宜行事！”
    萧震雷扭头看向蔡锷问道：“松坡兄，你看呢？”
    蔡锷沉吟片刻道：“既然克强将军担保，就这样定了吧！我们云南将派陆军39师参战，师长李根源，民党中人，毕业于日本振武学堂与士官学校，相信孙先生和克强将军对他都不陌生。”
    孙文和黄兴闻言都点点头，孙文道：“由李根源当任师长，我们是放心的！”
    蒋百里这时道：“好，既然如此，西线战场由蔡松坡指挥，下辖粤军许崇智部、滇军李根源部、川军刘存厚部和熊克武部，中线战场和西线战统一由徐绍桢老将军指挥，当任总指挥一职，蔡将军和张将军没有意见吧？”
    蔡锷和张孝准两人同时站起来道：“坚决服从徐老将军指挥！”
    喝了一口水之后，蒋百里又继续道：“最后我们来说一下东线战场，由蔡国栋将军任总指挥，同样分为两个部分，安徽部分由徐继祖将军当任指挥官，辖吴铁成的陆军26师和柏文蔚的皖军53师，苏北部分由伍世友将军任指挥官，下辖姚成年的21师、黄英杰的23师、李英石的27师。如果诸位没有其他意见，就这么定下来了，另外关于联军后勤的问题，现在由总司令跟诸位说一说！”
    萧震雷喝了一口水笑道：“后勤的问题可谓是重中之重，如果不解决后勤的问题，仗都不用打了，古今中外多少次战役是因为后勤出现问题而失败的？数不胜数，诸位都是知兵之人，我在这里就不举例说明了，我作为联军总司令，而且是此次北伐战争的发起者之一，在这里呢，我实在是抱歉，在这里只能替你们解决一部分弹药的供应，而且还不是全部弹药，毕竟诸位都知道，诸位的军队所使用的武器都五花八门，我们国家现在可谓成了万国牌武器倾销场，我只能供应与我们华东四省使用同一口径的枪支或火炮的弹药，你要让我拿出其他的口径的弹药，我们这边的兵工厂也没有生产，所以呢，另外一部分弹药和粮草的问题都需要你们自行解决，毕竟这次北伐并不是为了某一个人或者某一个党，而是为了全中国，大家有钱出现有力出力，同心协议将袁世凯赶下台。另外我要强调一点，各部派出的军队都要服从指挥官的指挥，不能出现违抗军令的现象，更不能出现有联军沿途滋扰民众的事情发生，我们联军总司令部将会成立宪兵纠察队派驻到每一个师，一旦发现这种情况将严惩不贷，诸位有没有意见？”
    谭延闿皱眉道：“总司令，没必要搞得这么严格吧？”
    谭延闿是旧派人士，对于士兵从老百姓手里抢点东西或者调戏一下妇女这种事情感觉很正常，因此才说了这么一句。
    萧震雷摇头道：“谭都督此言差矣，我们北伐联军是正义之师，而且都是新式陆军，现在民国了，军队也应该有新气象，怎么能够做出伤害百姓之事呢？想要取得北伐胜利，我们就必须要争取民心，如果我们的军队一边打仗，一边欺负百姓，怎么能获得百姓的支持呢？”
    蔡锷附和道：“总司令言之有理，我同意，如果要成立宪兵纠察队，就先往我们云南39师进驻一队！”
    胡汉民和张培爵也先后表示同意，谭延闿见状也不再反对，随了大流。
    蒋百里又问道：“关于后勤的事情，诸位还有什么要说的吗？如果诸位没有其他的意见，那么粮草问题就由各位自行解决，我们总司令部帮着解决一部分弹药，其他的弹药也需要你们自己解决了！”
    这些人也都知道，要让萧震雷一个人拿出所有联军的弹药和粮草根本不可能，即便萧震雷有钱愿意给，要运过去也不容易，等到运过去估计仗都打完了，他能帮着解决一部分弹药就已经很不错了，众人都纷纷同意。
    接下来，萧震雷、蒋百里等人又与这些地方都督们商量了一下如何防备陆荣廷和唐继尧的问题，还是按照萧震雷的提议，为了防止在北伐战争打响之后陆荣廷和唐继尧在后方捣鬼，周边与之接壤的省份各派一个师屯兵边境以作威慑。
    在细节方面，众人又连续召开了两天的会议才算彻底确定下来，如此，各省就北伐联军的问题才算真正达成一致。